一般內包車間衛生要求空氣：沉降菌/皿小于等于30個，工作臺表面：細菌總數小于等于100個/平方厘米，工人手表面：細菌總數小于等于100個/平方厘米，大腸菌群陰性。這樣的衛生條件在無人的情況下，很容易就完成，采用紫外線殺菌，臭氧殺菌即可。在實際包裝過程中，企業員工的各項衛生因素均會打破此規定，這樣就導致了食品在內包車間內產生二次污染。
食品出現菌落總數超標原因除去產品本身在生產工藝中的衛生問題外，還有就是在內包過程中被污染。小型企業對于內包車間的衛生管理缺乏一定的認知，認為內包材比較少，可以用柜子上鎖加裝臭氧發生器來解決，內包裝間與外包裝間用傳遞窗，外包材不可進內包裝間來避免細菌感染。這樣的做法確實正確，但是缺忽視了其他感染源。
要避免這種二次污染，采用傳統的紫外線與臭氧殺菌均不可采用。紫外線殺菌屬于靜態消毒方式，開啟紫外線燈時，全部人員應該離開消毒現場，以免造成人體傷害；臭氧殺菌屬于靜態消毒方式，高濃度的臭氧可以老化橡膠，使銅片銹蝕，但臭氧作空氣消毒時，并非使用純臭氧，又具有極易分解的特點，況且一般為間斷使用，故不易產生對環境設備的損害。用臭氧消毒空氣，必須是在人不在的條件下，消毒后至少過30分鐘才能進入。
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