近年來發展起來的臭氧發生器水處理技術，在醫院污水處理工程上被廣泛應用，收到了極好的效果，這是因為臭氧比氯、漂白粉、二氧化氯具有更強的氧化能力，可以比氯快600-3000倍的速度殺死包括氯不能徹底殺死的所有細菌、病毒等；可將某些重金屬離子Pb、Hg等氧化沉淀達到分離的目的，經此處理的醫院污水，可大大提高排放標準，甚至可返回作為非飲用水使用。
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處理方法和工藝流程是根據處理對象而確定的，其處理對象有懸浮物、飄浮物、有機物、放射性同位素、病菌、病毒、酸堿等。其中危害較大的是病原體。
（1）懸浮物及飄浮物
一般均在病房出口處設置化糞池。污水進入化糞池后，其中比重較大的污染物在池中沉淀分離，發酵消化。在沉降過程中也夾雜一些病毒病菌隨之沉降，故污泥也應作相應處理。化糞池出水仍會攜帶一部分漂浮物和機械雜質進入消毒池，這將影響消毒劑的殺菌效果，因此，污水進入消毒池前應得到充分沉淀和簡單的過濾。
（2）有機污染物
醫院污水的有機物一般小于城市污水，BOD5多在100毫克/升左右。可以利用水體本身的自凈能力將其消化。但如果直接排入要求較高的地表水體、風景區等時，則對其有機物要進行處理，一般多采用生物處理法。
（3）放射性同位素
由于原子核自發蛻變產生射線，它的存在使污水具有放射性污染，無法人為的改變污水中放射性物質的強度和性能。因此只有用稀釋或濃縮的辦法來降低或避免其危害。對于這種污水可根據放射性物質的種類、半衰期長短來決定其處理方法。對于半衰期短的元素，采用儲存的方法或用稀釋方法進行處理；對于半衰期長的放射性物質可采用物理、化學或生物法處理，將其先從污水中分離出來。根據調查，目前一般醫院中使用的放射性同位素均系半衰期較短者，而且污水量較少，故通常采用儲存法處理。
（4）病毒
病毒是一種遠比細菌小的物體，他們沒有完整的細胞結構，必須在一定的活細胞中才能生存繁殖。在人類的傳染病中80%是由病毒引起的。病毒一般來說耐冷不耐熱（但肝炎病毒對熱、干燥和冰凍均有一定抵抗力，如甲型肝炎耐熱56℃，1小時以上；乙型耐熱60℃，4小時以上），不過所有病毒對高溫煮沸和強氧化劑都很敏感，因此可投一定濃度的氯使其滅活。
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